Mitsubishi Motors har anklagats för att ha överdrivit hur bränslesnåla fyra bensindrivna småbilar som sålts i Japan har varit och dessutom gjort samma sak för två bilmodeller man har tillverkat för Nissan.
Han lämnar formellt posten i samband med bolagets årsstämma den 24 juni, skriver Mitsubishi i ett uttalande.
Aikawa kommer tillfälligt att ersättas av bolagets styrelseordförande Osamu Masuko, enligt Nikkei.
Masuko antas därefter vara kvar som både ordförande och vd tills det att konkurrenten Nissan Motors köp av en storpost i Mitsubishi är genomförd.