Domstolen har kommit fram till att ägarna till det så kallade Glashuset, som vetter ut mot Strömmen, lider ekonomisk skada. Fastighetens värde sjunker om hus byggs framför den glasade fasaden.
Staden kan nu överklaga domen till Mark- och miljööverdomstolen. Om den också skulle säga nej måste staden börja om från början med planarbetet.
"Det är självklart både väldigt tråkigt och förvånande", kommenterar Andreas Burghauser, projektchef för Slussen, domstolens utslag.
"Vi tycker att vi har gjort en korrekt avvägning mellan det allmänna intresset att bygga om hela Slussen och det enskilda intresset att inte få nya hus framför sin kontorsfastighet", fortsätter han i ett uttalande på Stockholms stads hemsida.
Staden konstaterar att 156 av de totalt 157 överklagandena avslogs av Mark- och miljödomstolen. Det enda överklagandet som gått igenom gäller de kontor, restauranger och affärer som var tänkta att byggas ovanpå Stadsgårdsleden - framför Glashusets panoramafönster.
Stadsbyggnadsrådet i Stockholm, Regina Kevius (M) tycker att domstolens utslag är förvånande:
TT: Vilka konsekvenser får domen för Slussenprojektet?
En ombyggnad av Slussen har diskuterats i ett par decennier. Att en central del av detaljplanen nu stoppats får ses som ett rejält bakslag för dess pådrivare.
Mark- och miljdomstolen i Nacka konstaterar i sin dom att alla som investerar i centralt belägna fastigheter i Stockholm får räkna med att byggnadernas omgivningar kan förändras radikalt, och därmed också värdet. Men, fortsätter domstolen, Glashuset bedöms ha ett betydande kulturhistoriskt värde och utgör ett viktigt inslag i stadsbilden. Med fyra till sex våningar höga byggnader framför kommer Glashuset inte längre att ha denna överordnade roll i stadsbilden. Med de skyddsbestämmelser som finns för glasfasaden kan Glashusets ägare, Kommanditbolaget T-Bodarne, heller inte ha räknat med att det skulle byggas framför huset. I det här fallet väger bolagets enskilda intresse tyngre än det allmänna intresset av fyra nya byggrätter, enligt domen.
Inte oväntat kommer Stockholms stad att överklaga domen.
För ganska precis ett år sedan klubbade kommunfullmäktige i Stockholms stad att hela Slussen ska byggas om. Jätteprojektet innefattar en ny vägbro mellan Söder och Gamla stan, en ny bussterminal och nya kontors- och affärsfastigheter. Dessa byggnader skulle bidra till finansieringen av Nya Slussen.