Agüero, som tidigare spelat i Manchester City och Atlético Madrid, kom till Barcelona inför den här säsongen. Under en ligamatch mot Alaves i oktober drabbades Agüero av arytmi, rubbningar i hjärtrytmen.
Argentinaren klagade på bröstsmärtor och yrsel under matchen och togs senare till sjukhus. Där konstaterades att det handlade om arytmi.
Efter matchen meddelade Barcelona att 33-åringen skulle bli borta i tre månader för att undersöka hjärtproblemen. Uppgifter i media har senare pekat på att anfallaren kan tvingas avsluta karriären.
På onsdagen berättade han vid en presskonferens om sitt beslut.
– Jag har tagit beslutet för min hälsas skull. Det är vad läkarna sagt till mig, att det vore bäst om jag slutade spela. Jag tog beslutet för runt tio dagar sedan, säger Agüero.
– Jag är stolt över min karriär, det var en dröm som blev sann. Jag ville bara bli proffs, men jag trodde aldrig att jag skulle spela i Europa.
Argentinaren lämnar en 18-årig seniorkarriär där han gjorde mer än 400 mål. Det blev 101 A-landskamper för Argentina.