Domaren Olaf Arnoldi konstaterar att "ryska statens myndigheter beordrat de anklagade att likvidera offret" och förklarade att han instämde med åklagarsidan om att "mordet hade planerats noggrant".
Efter domen meddelade Berlin att två ryska diplomater utvisas ur landet.
Det 40-åriga offret, en tidigare befälhavare för tjetjenska rebeller som stridit mot ryska armén, sköts i huvudet i Tiergarten i centrala Berlin mitt på ljusa dagen. Den 55-årige gärningsmannen försvann sedan på cykel, men kunde senare gripas.
Tyska åklagare har hela tiden hävdat att mannen är FSB-agent och att mordet skett på direkt order från högsta ort i Ryssland.
Ryssland förnekar all inblandning i mordet.
"Vi betraktar den här domen som tendentiös och politiskt motiverad. Den försämrar på ett allvarligt vis de redan ansträngda rysk-tyska relationerna", skriver Rysslands Berlinambassadör Sergej Netjajev i ett uttalande.