De sex första åkarna sköt fullt i damsprinten och Koukalova var prick fyra sekunder före tyskan Laura Dahlmeier i 7,5-kilometersloppet. Bronset gick till Anais Chevalier, Frankrike.
Anna Magnusson blev bästa svenska på 14:e plats efter prickfritt skytte, 1.03,3 efter täten.
- Skönt att komma in på skjutvallen och känna sig trygg med skyttet, säger Magnusson till SVT.
- Men det var tungt. Det kändes i benen att det var ett lopp i går.
Hanna Öberg hade bästa åktid av svenskorna, men två bom innebar ras till 40:e plats. Chardine Sloof var 44:a och Maria Brorsson 56:a.
- För dåligt. Jag kanske var för fokuserad, sade Öberg om skyttet, där hon var femte snabbast av alla men bommade de två sista skotten.
Bara timmarna före start kom besked om att ryskan Jekaterina Glazyrina stoppats från deltagande på grund av dopningsmisstankar som en följd av utredningarna som görs i samband med den omtalade McLaren-rapporten i december, där över 1000 ryska idrottare, däribland ett 30-tal skidskyttar, sägs vara inblandade i systematisk rysk dopning under flera år.
Hon ersattes av Irina Uslugina, som kom på 15:e plats.
Damsprinten ligger till grund för jaktstarten i VM som avgörs på söndag.