Den regerande mästaren i backhopparveckans två hopp på 135,5 i den första omgången och 139,5 i den andra och 283,4 i poäng räckte för att knipa segern före den tyska världscupledaren Richard Freitag som skrapade ihop 275,8 poäng.
Trea i tävlingen blev norrmannen Anders Fannemel slutade på tredje plats.
Efter två deltävlingar i backhopparveckan leder Stoch, Freitag skuggar närmast bakom på andra plats och Dawid Kubacki, Polen, ligger trea. Nu styr backhopparveckan vidare mot Österrike med hoppning i Innsbruck på torsdag och Bischofshofen på lördag.