Italienaren Federico Pellegrino vann finalen före Emil Iversen, Norge, och Alex Harvey, Kanada.
Favoriten Johannes Høsflot Klæbo åkte ut i semifinalen sedan han fått staven knäckt av Calle Halfvarsson. Norrmannen blev tydligt upprörd och slog med staven i snön flera gånger.
– Jag är inte säker på vad som hände, men Calle ligger fel. Jävligt onödigt, sade Klæbo till NRK.
Enligt Aftonbladet erkände Halfvarsson att han hade gjort fel.
– Jag är lite för het på gröten och kliver av hans stav. Det är ju mitt fel, jag ska egentligen inte vara där. Men han sätter mig lite i den situationen att jag får panik för han kliver in framför mig och sänker farten och de andra kommer i väldigt hög fart så det var därför jag försökte ta mig om, sade Halfvarsson som slutade femma i semifinalen och också slogs ut.
Han tyckte Klæbos starka reaktion var lite barnslig.
– Jag har bett om ursäkt, jag vet inte vad mer jag ska säga än så.
Klæbo, förra säsongens stora dominant, har fått en tung start på vintern. I premiären i Ruka var han på väg mot en klar seger i sprinten – men slog av på tempot på upploppet och blev passerad av Alexander Bolsjunov.
Klæbo och Halfvarsson möts igen på lördagen då Lillehammers minitour fortsätter med 15 km i fristil.
– Jag tappade många bonussekunder (i sprinten), men det är bara att försöka ta revansch, sade Klæbo.