Ronaldo var i stort sett osynlig i den första halvleken, men efter paus var Real Madrids superstjärna glödhet.
I den 47:e minuten sköt han 1–1, på ett perfekt inlägg från högerbacken Dani Carvajal. Och en halvtimme senare avgjorde han tillställningen. Ronaldo har nu gjort 97mål i Champions League.
Gästerna skapade flera heta målchanser att göra ytterligare mål, men den tyske målvaktsstjärnan Manuel Neuer svarade för flera högklassiga räddningar.
I den första halvleken spelade Arturo Vidal huvudrollen. Hemmalagets chilenske mittfältare inledde målskyttet med en kraftfull nick, på en välslagen högerhörna. Precis före paus fick han sedan chansen att öka på ledningen, på straff. Men skottet från elvameterspunkten flög högt över ribban – en miss som ser ut att bli kostsam för Bayern München.
En annan avgörande faktor i matchen var en utvisning på Javi Martinez efter en timmes spel. Efter hans andra gula kort handlade allt om Real Madrid.
I kvartsfinalmötet mellan Atlético Madrid och Leicester är det spansk fördel. Antoine Griezmann gjorde matchens enda mål på straff, när Diego Simeones lag vann med 1–0.
Returerna i Madrid och Leicester spelas onsdagen den 19 april.
