Den 49-årige McCabe förväntades lämna posten i mars i år, men kommer nu att vara ledig fram till dess, enligt olika källor.
I maj i fjol sparkade Trump den dåvarande FBI-chefen James Comey, som senare ersattes av Christopher Wray.
Trumps talesperson Sarah Sanders säger att Vita huset inte har haft något att göra med något eventuellt beslut om att McCabe ska avgå i förtid.
Hon säger också att FBI ska kommentera saken senare under måndagen.
McCabes avgång kommer sedan Trump och andra republikaner börjat attackera honom mera aggressivt. Han anklagas bland annat för att hans fru, i ett tidigare försökt att bli invald i delstaten Virginias senat, fått kampanjstöd från Terry McAuliffe, Virginias dåvarande guvernör och nära allierad till demokraten Hillary Clinton – Trumps motståndare i presidentvalet 2016.
Demokraterna ser attackerna mot McCabe som ett försök att underminera den särskilde åklagaren Robert Muellers utredning av eventuella kontakter mellan Trumps kampanj och höga ryska företrädare.