Attacken kom strax efter att president Donald Trump meddelat att USA lämnar kärnenergiavtalet med Iran.
Den syriska statliga nyhetsbyrån Sana rapporterar om explosionsljud och att syriska luftvärnet skjutit ner två israeliska robotar i området al-Kiswah.
Enligt oppositionella Syriska människorättsobservatoriet (SOHR) har nio personer som strider på den syriska regimens sida dödats. Det ska röra sig om personer från iranska revolutionsgardet och andra Iran-stödda styrkor.
Anfallet var riktat mot vapenlager som tillhör revolutionsgardet, enligt SOHR:s chef Rami Abdel Rahman.
I ett tal kommenterade Israels premiärminister Benjamin Netanyahu Trumps beslut om att lämna kärnvapenavtalet med Iran, och nämnde bland annat spänningarna i Syrien.
"I flera månader har Iran transporterat dödliga vapen till sina styrkor i Syrien, med syfte att attackera Israel", sade Netanyahu och fortsatte:
"Vi kommer att reagera kraftigt på alla angrepp på vårt territorium."