Presidenten skriver i en tweetatt "Tyskland är skyldigt Nato & USA stora summor pengar, måste betalas mer för det mäktiga, och mycket dyra, försvaret som Tyskland förses med!"
Trump har tidigare kritiserat Nato och kallat försvarsalliansen "föråldrad".
Under de båda ledarnas gemensamma presskonferens i fredags krävde Trump att USA:s allierade i Nato ska betala tillbaka "stora summor pengar från tidigare år".
Angela Merkel förklarade samtidigt att Tyskland förbundit sig att öka sina försvarsutgifter till Nato-medlemmarna enligt en tidigare överenskommelse om två procent av BNP.
Under förra årets presidentvalskampanj kallade Trump den tyska förbundskanslerns flyktingpolitik för ett "katastrofalt misstag" och anklagade Merkel för "förstöra Tyskland".
Men i sin tweet dagen efter de bådas möte skriver den amerikanske presidenten att bortsett från "vad ni har hört från FEJKMEDIERNA hade jag ett BRA möte med förbundskansler Angela Merkel".
TT