Det drabbade också resenärer till och från Sverige. Fyra Turkish Airlines-flyg kom på söndagen aldrig i väg till Arlanda respektive Landvetter, med inställda returer som följd.
Enligt en twittrande Turkish Airlines-chef kunde mer än 10000 resenärer inte nå Istanbul och drygt 5000 kunde inte lämna flygplatsen.
En normal dag klarar Atatürk av 1500 avgångar och ankomster. På söndagen var bara runt 380 rörelser planerade på grund av snöröjning.
Ett 50-tal svenskar som skulle ha mellanlandat i Istanbul på väg från Bangkok hamnade på lördagen i stället på flygplatsen i Şanlıurfa i södra Turkiet nära syriska gränsen.
På söndagen väntade de fortfarande på besked om hemresan.
- Vi vill bara härifrån. När jag pratade med UD sa de åt oss att inte gå ut då polisen just gripit fyra självmordsbombare här utanför. Det känns inte så säkert, säger en av resenärerna till Aftonbladet.
Det ovanligt kalla vädret runt den turkiska megastaden väntas hålla i sig hela veckan, men snöfallet skulle avta senare på söndagen.