I staden Temuco höll den 81-årige påven en stor utomhusmässa som han tillägnar offren för Pinochetdiktaturen.
- Vi ger denna mässa för alla dem som led och dog, och för dem som dagligen bär bördan av dessa många orättvisor, sade han.
Efter mässan väntade möten med representanter för folkgruppen mapuche, som kämpar för att få tillbaka landområden som de anser sig ha besittningsrätt till. Inför påvens besök har helikoptrar och kyrkor har stuckits i brand. Enligt polisen vill gärningsmännen skapa oro inför påvebesöket.
I sitt tal under mässan kritiserade påven användandet av våld som påtryckningsmedel i ursprungsfolkens kamp för bättre villkor.
- Ni kan inte hävda er själva genom att förstöra andra, eftersom detta bara leder till mer båld och splittring, sade han.
Påve Franciskus har under sitt besök i Chile tidigare träffat personer som utsatts för sexuella övergrepp av präster. Han träffade offren, helt ensam, på Vatikanens ambassad i Santiago.
- Det var för att de skulle kunna prata om det lidande de utsatts för med påve Franciskus, som lyssnade och bad och grät tillsammans med dem, säger Vatikanens talesperson Greg Burke.
Påven inledde sitt besök i Chile med att be om förlåtelse för sexövergreppen inom katolska kyrkan.