Den nya omräkningen av rösterna har gett samma resultat som tidigare, och Hernandez leder fortfarande med 1,6 procentenheter, enligt valmyndigheten.
Ingen officiell vinnare har utsetts efter valet den 26 november på grund av omfattande kritik mot hur det har genomförts.
Inledningsvis såg utmanaren Salvador Nasralla ut att vinna, men enligt valmyndigheten var det Hernández som i slutändan fick flest röster. En första omräkning av delar av rösterna avslutades i måndags.
Internationella övervakare har uttryckt reservationer kring valet, som enligt den panamerikanska samarbetsorganisationen OAS kantades av oegentligheter. OAS har sagt att resultatet inte är pålitligt och att organisationen kan komma att kräva nyval i landet om det visar sig att det har förekommit valfusk.
Anhängare till båda kandidaterna har arrangerat demonstrationer, som ibland har blivit våldsamma. Minst 14 människor har dödats i samband med oroligheter efter valet, enligt obekräftade uppgifter.