En av gravarna upptäcktes i det bergiga området Koricanske Stijene i centrala Bosnien, där mer än 200 civila män avrättades av serbiska styrkor i augusti 1992, enligt organisationen International Commission on Missing Persons (ICMP).
Ett 40-tal samlingar av benrester har plockats upp ur graven, i huvudsak ofullständiga skelett. Det är ännu oklart exakt hur många människor det handlar om, enligt ICMP. Skelettdelarna ska nu DNA-testas.
I slutet av Bosnienkriget rapporterades 31500 människor saknade. Sedan dess har resterna av 25000 offer plockats upp ur hundratals massgravar, enligt ICMP.
Den andra massgraven upptäcktes i östra regionen Vlasenica.
- Arbetet med att plocka upp kvarlevorna började på tisdag och hittills har vi hittat kompletta skelett från 10 personer. Vi tror att de är bosniska muslimer som dödades 1992, säger Lejla Cengic talesperson för ICMP.
Enligt föreningar som företräder krigets offer dödades 2600 bosniska muslimer från Vlasenica under konflikten.
Inbördeskriget i Bosnien startade 1992. Minst 100000 människor dödades och hälften av Bosniens befolkning drevs på flykt innan kriget slutade 1995.
TT-AFP
Fakta: Bosnienkriget
Bosnien utropade sin självständighet 1992 och erkändes omedelbart av EU och USA. Jugoslavien beordrade formellt sina styrkor att lämna landet, men många bosnienserber stannade kvar och fick utrustning från den jugoslaviska armén.
Bosnienserberna utropade en egen republik och tog snabbt kontroll över två tredjedelar av landet och började belägra huvudstaden Sarajevo.
Minst 100000 människor dödades under kriget som slutade 1995.