Rättsfallet har delat Israel och domen ledde till protester utanför militärdomstolen i Tel Aviv.
Den 24 mars förra året gick två palestinier till attack med kniv och skadade en israelisk militär i Hebron. Den skadade soldatens kollegor öppnade eld och skottskadade båda angriparna.
En stund efter attacken, när en av de skadade låg ner på marken, till synes livlös, gick den åtalade militären fram och sköt palestiniern i huvudet, så att mannen dog.
Det uppmärksammade rättsfallet har delat opinionen i Israel, och har av kritiker setts som ett exempel på utomrättsliga avrättningar av palestinier, medan andra anser att soldatens agerande var berättigat.
Försvaret har under rättegången hävdat att palestiniern utgjorde ett hot vid tillfället, vilket domaren tillbakavisade.
- Det finns ingen grund för att åberopa självförsvar, sade domaren Maya Heller, som konstaterade att skjutningen var oberättigad.
Utanför militärhögkvarteret i Tel Aviv drabbade ett hundratal uppretade demonstranter samman med polis i samband med beskedet.
Premiärminister Benjamin Netanyahu hörde till dem som beklagade domen.
"Det här är en svår och smärtsam dag... Jag stöder en benådning", skrev han på sin Facebooksida.
Straffet kommer att fastställas senare, men soldaten riskerar upp till 20 års fängelse.