Navalnyj brottades ner av poliser och drogs in i en polisbil under stort tumult, kort efter att han anslutit sig till demonstrationen som han själv hade utlyst.
"Jag har gripits. Det betyder ingenting. Kom till Tverskaja", twittrade Navalnyj kort därpå med hänvisning till Moskvas stora genomfartsled.
Enligt ett uttalande från polisen skulle Navalnyj att åtalas för att ha anordnat en demonstration utan tillstånd, ett brott som kan medföra 30 dagars fängelse. Sent på kvällen uppger hans advokat för nyhetsbyrån Reuters att han har släppts fri. Han har ännu inte delgivits misstankar om brott men ska inställa sig inför rätten vid ett senare datum.
- Navalnyj har flera gånger tidigare gripits under eller inför protestmarscher.
Polis bröt sig in
Tidigare under dagen bröt sig polisen in i hos den antikorruptionsstiftelse (FBK) som Navalnyj leder i Moskva. Polisen motiverade insatsen med ett mottaget bombhot, men enligt företrädare för FBK ska flera av organisationens anställda ha gripits, rapporterar internationella medier.
Aleksej Navalnyj hade utlyst protester i hela Ryssland för att mana till bojkott av presidentvalet. I Moskva slöt mellan 3000 och 4000 demonstranter upp, trots att demonstrationen inte fått tillstånd av myndigheterna, enligt AFP.
- Det är inga val, eftersom vi redan vet resultatet, Jag tänker inte gå och rösta, säger 62-åriga Elena Ruzje till AFP i centrala Moskva.
Tusentals av Navalnyjs anhängare runt om i Ryssland hade följt uppmaningen, även om uppslutningen enligt Reuters utsända verkar ha varit lägre än vid tidigare protester som hans rörelse genomfört. Rättighetsgruppen OVD-info, som övervakar gripanden vid politiska protester, rapporterar att minst 180 personer har gripits.
Får inte kandidera
Den 41-årige Navalnyj har de senaste åren varit en av de hårdaste Kremlkritikerna i Ryssland. Han har bland annat anklagat premiärminister Dmitrij Medvedev för långtgående korruption.
Navalnyj ses som en av få politiker som på allvar kan utmana president Vladimir Putin. Men han tillåts inte kandidera i presidentvalet den 18 mars eftersom han dömts för förskingring i en rättsprocess, som han avfärdat som riggad. Nu driver han en bojkottkampanj inför valet med syftet att få ner valdeltagandet – för att fläcka ner den väntade Putinsegern.
Kreml hävdar att de kommande valen blir fria och rättvisa. Navalnyj och hans anhängare avfärdas av den ryska regimen som ansvarslösa bråkmakare som försöker uppvigla till social oro.
Fakta: Aleksej Navalnyj
Aleksej Navalnyj är en 41-årig rysk aktivist, jurist och bloggare som har gjort sig känd genom sin skarpa kritik mot landets regering och mot korruption. Han leder antikorruptionsfonden FBK, men har också engagerat sig direkt i politiken, bland annat genom att kandidera i Moskvas borgmästarval.
Han har försökt ställa upp i presidentvalet i mars i år, men tillåts inte, med motiveringen att i han har dömts för brott. Navalnyj har överklagat valkommissionens beslut upp i högsta instans men fått avslag.
Navalnyj dömdes redan 2013 för förskingring, men domen revs upp av Högsta domstolen efter ett kritiskt utlåtande av Europarådet om rättsprocessen. Efter en ny rättegång förra året fick han en villkorlig dom på fem år. Han har själv kallat rättsprocessen riggad i syfte att hindra honom från att ställa upp i valet.
Navalnyj har växt fram som oppositionens karismatiska och, inte minst, yngre ansikte utåt. Men han har också väckt kontrovers genom nationalistiska uttalanden och för att tidigare ha deltagit i en hårdför nationalistmarsch.
