Inhemska kritiker anser att siffrorna är för höga. Men faktum kvarstår - redan vid folkräkningen 2001 var de indiska kvinnorna 35 miljoner färre än männen.
I Indien ses flickor som en social och ekonomisk börda, medan pojkar väntas ge föräldrarna en tryggad ålderdom. Och det ökade användandet av ultraljud för att fastställa fostrets kön har gjort det möjligt för föräldrar som föredrar söner att göra abort om det visar sig att det väntade barnet är en flicka.
Flest pojkar föds i storstadsområden och enligt forskningsrapporten, som publicerades i den brittiska medicintidskriften The Lancet, kommer skillnaden de kommande åren att bli allt mer uppseendeväckande.
- Saknade kvinnor är ett växande problem. Vår studie visar på behovet av rutiner, tillförlitlighet och långsiktiga mätningar av födslar och dödsfall, sade professor Rajesh Kumar, Chandigarh, Indien, som gjort studien tillsammans med doktor Prabhat Jha vid St. Michael's Hospital i Toronto, Kanada.
Antalet födda flickor jämfört med antalet pojkar minskar stadigt. Enligt den indiska folkräkningen fanns det 1990 25 miljoner färre kvinnor än män, 2001 var siffran 35 miljoner. FN-organet Unicef och andra experter anser att siffran nu är 50 miljoner färre kvinnor än män. Ett underskott för kvinnor i Indien har noterats sedan i början av 1900-talet, och historiskt "fattas" av den anledningen ännu fler kvinnor.
Politiskt sprängstoff
Forskarna har gått igenom uppgifter från data som samlats in 1998. 6 miljoner personer i 1,1 miljoner hushåll över hela Indien har fått frågor om bland annat födslar. Svaren är konfidentiella.
Att forskningsresultatet är politiskt sprängstoff visar kritiken från doktor Narendra Saini, som representerar 178 000 läkare i organisationen Indian Medical Association. Saini kritiserade rapporten i Lancet och sade att antalet aborter minskat efter 2001, då lagarna skärptes.
Mot Narendra Saini står professor Ranjana Kumari från India's Centre for Social Research. Hon pekar på rättssystemets svaghet och säger att inte en enda person fällts för att olagligt ha avslutat en graviditet på grund av barnets kön.
- Det finns en tyst överenskommelse mellan läkarna och de föräldrar som inte vill ha flickor, anser Ranjana Kumari, som driver kvinnofrågor.
Att landets kvinnounderskott är ett problem är väl känt. I Andhra Pradesh har delstatsregeringen gått ut med löften om bonus till föräldrar som fått en flicka och väljer att inte skaffa fler barn. Motsvarande omkring 18 000 kronor sätts in i en försäkring, som betalas ut till flickan när hon fyller 20. Om föräldrarna får två flickor, delas pengarna, så att var och en får motsvarande 9 000 kronor.
Delstatschefen Y S Rajasekhar Reddy har också instiftat stipendium för flickor som väljer att studera vidare.
1991 fanns i genomsnitt 945 indiska kvinnor mot 1 000 män. 2001 hade siffran sjunkit till 927 kvinnor mot 1 000 män.
Enligt den nya och mycket omfattande undersökningen fann forskarna att aborterna av flickfoster ökade i de familjer där första barnet var en flicka. Och aborter av flickfoster sker i alla samhällsklasser, men det är de som har utbildning och pengar som väljer bort flest flickor.
Siffrorna varierar mellan delstaterna och flera av de mer välmående delstaterna, som Delhi, Gujarat, Punjab och Himachal Pradesh har färre än 900 flickor mot 1 000 män.
I distriktet Kurukshetra i Haryana, en av Indiens mest välmående delstater, är genomsnittet 770 kvinnor mot 1 000 män. Och bland högutbildade i Kurukshetra föds 618 flickor på 1 000 pojkar. Forskningsresultatet vid universitetet i Kurukshetra bygger på siffror från Indiens folkräkningskommission, landets hälsoministerium och FN:s befolkningsfond UNFPA.
Läkarmottagningar med ultraljud finns nu över hela Indien. En del av dem är mobila och så gott som varje kvinna kan, om familjen har pengar, låta undersöka sig. Sedan 1994 finns det en lag som säger att det är olagligt att avsluta en graviditet på grund av barnets kön.
Riskerar tre års fängelse
En gravid kvinna som vill ha reda på sitt barns kön och söker hjälp för abort riskerar tre års fängelse och böter på 50 000 rupies (motsvarande omkring 8 000 kronor). Läkare riskerar att deras licens dras in, men lagarna efterlevs inte.
För ett drygt år sedan besökte jag doktor Prerna Agarwals ultraljudsmottagning i staden Kurukshetra 25 mil norr om den indiska huvudstaden New Delhi. Hon vägrade att tala om för föräldrarna om det ofödda barnet är en pojke eller flicka.
- Men alla, inte 99,9 utan 100 procent, som kommer hit vill ha reda på könet, berättade doktor Agarwal, som förlorade kunder på sitt agerande.
- Det känns ändå fel därför att alla kan kringgå lagen. Det finns många vägar i det indiska samhället. Det som händer är bara att det blir dyrare för föräldrarna, sade Prerna Agarwal.
Flickor ses ofta som en börda för sina familjer och hellre än att föda dem in i ett patriarkaliskt samhälle, där de löper risk att bli illa behandlade, så föredrar många väntande mödrar att abortera sina ofödda flickor. Det är sedan tidigare känt att det i vissa områden i Indien finns en lång tradition att man dödar flickor precis efter födseln eller att de får svälta ihjäl.
Små flickor negligeras och de löper också större risk än pojkar att dö - före fyra års ålder är dödssiffran för dem 40 procent högre än för pojkar. De flesta flickor får inte heller tillräckligt med mat, sjukvård och utbildning.
Denna inhumana behandling av flickor pågår parallellt med aborterna, vilket lett till att antalet flickor minskat dramatiskt.
I Indien stannar pojkarna kvar i föräldrahemmet, medan döttrarna flyttar till mannens familj när de gifter sig. Därför är det vanligt att föräldrarna inte vill satsa på sina flickor eftersom det är mannens familj som får nytta av flickan. Samtidigt gynnar indiska arvslagar män och endast söner anses kunna ge en död förälder sista smörjelsen.
Traditionellt höjer en pojke hela familjens status, något som gör att kvinnor känner sig pressade att föda en pojke. En kvinna som föder en dotter behandlas sämre och de flesta kvinnor som inte har någon son känner att de helt enkelt måste få en.
Därtill kommer traditionen med hemgift för flickor, som är en betungande utgift i alla samhällsskikt - ju högre status, desto högre är utgifterna för hemgiften. Och trots att det är förbjudet florerar systemet i så gott som hela Indien.
Våld relaterat till hemgiften har ökat de senaste åren. Över 5 000 kvinnor dödas varje år av sina män eller hans släktingar på grund av att flickans familj inte anses ha lämnat en tillräckligt stor hemgift - men många fall rapporteras inte. Mord noteras ofta bara som "olyckshändelser", som att kvinnor blivit svårt brända i sina kök, och dödssiffran är i realiteten därför mycket högre.
Liknande problem i andra länder
Aborter av flickfoster och dödande av små flickor fortgår under en kulturell, social och religiös täckmantel och det indiska läkarförbundet har tidigare uppmanat kolleger runt om i världen att stödja deras kamp för att befria Indien från det man kallar "social ondska".
Liknande problem finns också i andra länder, i huvudsak i patriarkala samhällen i Asien, Nordafrika och Mellanöstern, vilket lett till att miljontals kvinnor "saknas" också i dessa områden. I Kina är ettbarnspolitiken ytterligare en i hög grad bidragande orsak till att flickor aborteras. I Kina visar statistiken att två miljoner extra pojkar föds varje år och 40 miljoner kinesiska män kommer inte att ha någon kvinnlig partner 2020. Där försöker man nu med nya och hårdare lagar att komma tillrätta med situationen.
Dessa problem har redan uppstått i Indien. Doktor Reicha Tanwar vid Kurukshetras universitet i delstaten Haryana bedriver forskning om Indiens "försvunna flickor". Eftersom det är olagligt med dessa aborter utförs de sällan på sjukhus och kvinnans liv är många gånger i stor fara. När jag besökte Reicha Tanwar i Kurukshetra för drygt ett år sedan, berättade hon att hon mött kvinnor som gjort upp till nio aborter.
- Och vem ska klaga, den ofödda flickan? sade Reicha Tanwar.
I Haryana är flickorna nu så få att män har svårt att hitta någon att gifta sig med.
- Många har därför köpt sig en ung fru från nordöstra Indien, sade Reicha Tanwar.
Helst vill föräldrarna att deras söner gifter sig med flickor som tillhör en högre eller åtminstone samma kast, nu har de fått tänka om. Om paret på grund av olika språk ens kan tala med varandra har mindre betydelse, det viktiga är att han får en fru - som föder en son. Eftersom mannens familj betalat för flickan betraktas hon som deras "egendom", deras slav, och hon har inget att sätta emot om hon blir illa behandlad.
Doktor Reicha Tanwar efterlyste en mer öppen syn från makthavarnas sida - men tror inte på några snabba förändringar.
- Inställningen är att andra gärna får ha flickor, men själva vill de ha pojkar, sade doktor Tanwar.
