Det väntade förslaget presenterades på onsdagen i ett optimistiskt pressmeddelande från hälsoansvarige EU-kommissionären Vytenis Andriukaitis.
"Kommissionen har lyssnat till de farhågor som många europeiska medborgare hyser. . . Om det antas kommer förslaget att i överensstämmelse med subsidiaritetsprincipen ge medlemsländerna mer att säga till om när det gäller användningen av genetiskt modifierade organismer i livsmedel och foder i det egna landet", skrev Andriukaitis.
Kritiken blev dock omedelbar. Miljöorganisationen Greenpeace talar om en "fars" och befarar att länderna juridiskt kommer att få svårt att motivera sina nej - och att det i stället kommer att leda till fler genmodifierade produkter i EU.
"Kommissionen erbjuder EU-länderna en falsk rätt att säga nej som inte kommer att hålla i domstol", skriver organisationens ansvariga för livsmedelspolitik, Franziska Achterberg, i ett uttalande.
"Det här gör det möjligt för kommissionen att fortsätta ignorera ett stort motstånd till genmodifierade grödor, trots ordförande Junckers löften om att låta en majoritet av EU-länderna stoppa kommissionsbeslut om GMO", hävdar Achterberg.
Även svenske EU-parlamentsledamoten Christofer Fjellner (M) är missnöjd.
"Den nya kommissionen verkar strunta i vad EU:s vetenskapliga experter säger och vill tillåta länder att förbjuda import av GMO på godtyckliga grunder. Om förslaget blir verklighet kan det leda till att Frankrike förbjuder import av spansk müsli med hänvisning till att den kan innehålla spår av GMO. Det kan bli slutet för EU:s gemensamma marknad", skriver Fjellner i en kommentar.
Förslaget ska nu i sedvanlig ordning behandlas av medlemsstaterna och EU-parlamentet.
EU-kommissionens förslag gäller import av genmodifierad mat och djurfoder. Tanken är att enskilda länder ska ges möjlighet att säga nej även om EU:s vetenskapliga experter har gett klartecken.
Beskedet följer på en uppgörelse tidigare i år där länderna fått liknande möjlighet att säga nej till odling av genmodifierade grödor.
Medlemsländernas oenighet i GMO-frågan har gjort att EU totalt sett genom åren haft en väldigt restriktiv syn. Endast en GMO-gröda - en majssort - är godkänd för odling i EU, medan ett 50-tal GMO-produkter är tillåtna att sälja, främst som djurfoder.