Den israeliske utbildningsministern Naftali Bennett ger beskedet i ett brev till Unescos generalsekreterare Irina Bokova, rapporterar AFP. Han skriver att han meddelat Israels kommission till FN-organet att "ställa in alla yrkesmässiga aktiviteter med den internationella organisationen", som han anklagar för att ignorera "tusentals år av judiska band till Jerusalem" och sanktionera "islamistisk terrorism".
Bakgrunden är två resolutioner som lagts fram av flera arabländer och som i veckan antogs av Unesco på kommitténivå. Resolutionerna, som tas upp av den verkställande styrelsen på tisdag, refererar till Israel som en "ockupationsmakt" och syftar till att "säkra det palestinska kulturella arvet och östra Jerusalems särskilda karaktär", enligt AFP.
Bokova reagerade på kritiken genom ett uttalande där hon slår fast att både muslimer, judar och kristna har rätt till ett "uttryckligt erkännande" av sin historia i och förhållande till staden.
Östra Jerusalems status är en av de största stötestenarna i Israel-Palestina-konflikten.
Israel kritiserade tidigare i år Unesco efter en resolution i april där FN-organet enbart benämnde det område i Jerusalem där bland annat al-Aqsa-moskén står med dess arabiska namn, och uteslöt den judiska benämningen Tempelberget.
Fakta: Jerusalem viktig för troende
Israel ockuperade den östra delen av Jerusalem under sexdagarskriget 1967.
Den israeliska regeringen betecknar staden som sin "eviga och odelbara huvudstad".
Palestinierna kräver att östra Jerusalem blir den framtida palestinska statens huvudstad. Frågan är en av de största stötestenarna i fredsprocessen.
Inget annat land utom Israel självt har erkänt Jerusalem som israelisk huvudstad.
Jerusalems gamla stad rymmer flera platser av stor religiös betydelse för judar, muslimer och kristna, som al-Aqsamoskén, Klippdomen, Tempelberget, Klagomuren och Heliga gravens kyrka.
