Estrada ska enligt åklagaren ha sökt mellan tio och tolv miljoner dollar från den mexikanska Sinaloakartellen tillsammans med en annan man för att bekosta sin kampanj.
De två männen skulle om Estrada kom till makten hjälpa kartellen att smuggla narkotika från flygplatsen och hamnar i Guatemala med hjälp av korrumperade säkerhetsanställda.
Enligt åklagaren fanns också planer på att mörda andra kandidater. Bevisningen sägs bland annat bestå av video- och ljudupptagningar från möten.
Alfredo Brito, talesperson för Guatemalas president Jimmy Morales, säger att Estrada kommer att få samma konsulära stöd som alla andra guatemalaner, men att han måste "tydliggöra sin juridiska situation med tanke på de anklagelser som lagts fram mot honom".