Mannen arbetar mot droger och kriminalitet för FN. Han kidnappades under onsdagen i provinsen Guaviare under en rundtur med syfte att motivera bönder att ersätta koka, råvara till kokain, med lagliga grödor.
Hans namn och nationalitet har inte offentliggjorts.
FN-kontoret i Colombia arbetar tillsammans med myndigheterna för att få mannen släppt.
Kidnappningen sätter press på fredsavtalet mellan rebellerna och regeringen, där 7000 Farc-soldater ska gå tillbaka till ett civilt liv.
En del avhoppare från Farc har vägrat lägga ned sina vapen och har fortfarande kopplingar till droghandel.
Runt 300 av de avhoppade tros vara aktiva i Guaviare, enligt Kyle Johnson, analytiker vid International Crisis Group. Enligt honom kommer kidnappningen att påverka de besökande FN-ambassadörernas bild av fredsavtalet.
Enligt Rafael Pardo, rådgivare till Colombias president Juan Manuel Santos, hade kidnapparna meddelat att den FN-anställde skulle friges mitt på dagen lokal tid på torsdagen, men tiden passerade utan att någon frisläppning rapporterats.