"Den filippinska regeringen har informerat oss om att de inte längre accepterar EU-bidrag", säger EU-delegationen i Manila i ett kort uttalande.
EU ger bidrag på sammanlagt närmare 2,5 miljarder svenska kronor, enligt Franz Jessen, EU-ambassadör i Manila.
"Vi ska vara en självständig nation", säger Duterte i ett uttalande, efter att flera EU-länder riktat kritik mot hans agerande.
Ernesto Pernia, minister för ekonomisk planering, sade på en presskonferens att regeringens beslut att inte ta emot EU-bidrag kan ändras.
- Jag kommer inte att ta det som en riktlinje. Det är mer en reaktion på kritik. Jag tror inte att det kommer att förbli så, säger han.
Enligt Pernia är EU den femte eller sjätte största givaren till landets utvecklingsbistånd.
Duterte, 72, har upprepade gånger kritiserat EU som fördömt hans våldsamma krig mot knarket, som har krävt tusentals liv.
Förra året använde han ett vulgärt språk och lyfte sitt långfinger i svar på ett uttalande från Europaparlamentet som uttryckte oro över våldsamheterna i landet.
Fakta: Kriget mot drogerna
Minst 9400 personer har dödats sedan Filippinernas president Rodrigo Duterte inledde sitt krig mot knarket, varav omkring 2700 i polisinsatser. Duterte tillträdde som president förra sommaren.
Nästan 65000 ska ha gripits. Bland dem som protesterat mot kriget kan nämnas landets katolska kyrka.
Människorättsgrupper har anklagat polisen för att genomföra utomrättsliga avrättningar, något som förnekats från polisen och regeringen.
Källor: Reuters, TT