Det är första gången sedan 2009 som partiet möts och under den minst fem dagar långa kongressen ska bland annat en ny centralkommitté, Fatahs högsta styrande organ, utses. Kongressen ska även välja 120 representanter till partiets revolutionsråd.
Abbas valdes genom konsensus enligt partiets talesperson Mahmud Abu al-Hija.
Den 81-årige Abbas har inte vädrat några antydningar om att lämna posten som president, trots att hans position har försvagats och popularitet har dalat. Den palestinske presidenten har inte heller utsett någon möjlig efterträdare.
Flera av hans opponenter, likt Mohammed Dahlan som befinner sig i exil i Saudiarabien, har dessutom marginaliserats av Abbas inför den pågående kongressen. Andra ledande palestinier har inte bjudits in till kongressen, "då vi skulle ha kommit med åsikter som skiljer sig åt" enligt Dimitri Diliani som valdes in i Fatahs revolutionära råd 2009.
Sammanlagt 1400 delegater deltar i kongressen som hålls i Ramallah på den ockuperade Västbanken. Enligt talespersonen al-Hija har Israel försökt hindra medlemmar från Gazaremsan från att ta sig till kongressen.