Maldonados bror Sergio säger att kroppen har identifierats och att familjen lägger skulden för dödsfallet på landets myndigheter.
- Vi har fått titta på kroppen. Vi kände igen Santiagos tatueringar, så vi är övertygade om att det är han, sade Sergio Maldonado utanför bårhuset i Buenos Aires enligt nyhetsbyrån AFP.
Obduktionen visade enligt dagstidningen Claríns källor att Maldonadodrunknade och att kroppen legat länge i vattnet. Det skulle tala emot teorin att han fördes till annan plats och dumpades i Chubutfloden först senare. Kroppen visade enligt källorna inga spår av skott eller hugg och slag.
Likafullt har det enligt domaren Gustavo Lleral, som följde den rättsmedicinska undersökningen, inte gått att klarlägga hur det gick till när han drunknade.
Santiago Maldonado, 28, sågs senast i militärpolisens förvar i samband med ett försök att skingra en protest för urbefolkningen mapuches rättigheter i provinsen Chubut i regionen Patagonien.
Försvinnandet har lett till starka reaktioner och demonstrationer har hållits i hela landet. Svåra minnen har väckts från militärdiktaturen i landet mellan 1976 och 1983, då uppskattningsvis 30000 människor dödades eller försvann ofrivilligt.
Åklagaren Silvia Ávila säger att kroppen, som hittades runt 300 meter från där han senast sågs, bar kläder som liknade Maldonados.
Myndigheterna har förnekat att de har något med Santiago Maldonados försvinnande att göra.