Sedan de Villiers meddelat sin avgång kontrade Macron snabbt med att välja Lecointre som efterträdare, rapporterar Reuters.
General de Villiers har de senaste dagarna grälat offentligt med presidenten, som vill att försvaret drar åt svångremmen.
I ett skriftligt uttalande säger de Villiers enligt nyhetsbyråer att han inte längre säger sig kunna garantera det försvar som han "tycker är nödvändigt för att kunna garantera skydd för Frankrike och det franska folket".
Regeringen har bett försvaret att hålla sig inom årets budget på 32,7 miljarder euro, sedan det framgått att den väntas överskridas med uppemot en miljard euro. Nästa år väntas budgeten för försvaret höjas till 34,2 miljarder euro.
Macron försöker hålla sitt löfte om att hålla budgetunderskottet under 3 procent av BNP, ett krav som EU ställer och som Frankrike inte har uppfyllt på tio år.