Talesmannen Martin Andanar säger att Duterte avstår från att besöka Brunei söndag-måndag, för att i stället stanna hemma och följa utvecklingen sedan en sprängladdning detonerat på en nattmarknad utanför ett lyxhotell i Davao.
Över tio människor dödades och tiotals skadades.
Davao är den hårdföre president Dutertes hemstad. Han ska ha befunnit sig i staden men inte i närheten av platsen för dådet, när det inträffade.
- Det finns gott om krafter som är arga på vår president och vår regering, säger Martin Andanar, sedan han konstaterat att ansvariga bakom dådet kan vara både knarkhandlare och militanta islamister.
Rodrigo Duterte utkämpar ett blodigt krig mot narkotikabrottsligheten i Filippinerna och omkring 2 000 personer har dödats sedan han blev president i slutet av juni.
Andanar säger att förutom den inställda resan till Brunei så genomförs en rundresa i regionen som planerat den kommande veckan. På tisdag åker Duterte till Laos för ett toppmöte inom samarbetsorganisationen Asean. Där kan den kontroversielle ledaren komma att springa på bland andra sin amerikanske kollega Barack Obama.