Enligt nyhetskanalen CNN fattade den katolske talmannen inte beslutet förrän sent på torsdagen, efter att ha mött påve Franciskus. Partikamraterna i representanthuset informerades bakom stängda dörrar på fredagen.
John Boehner har varit under stor press den senaste tiden, inte minst från konservativa falanger inom det egna partiet som vill att han står upp för deras sak i frågor som Iranavtalet, ekonomin och abortfrågan.
Samtidigt hotas delar av USA:s statsapparat av nedstängning om kongressen inte når en budgetuppgörelse senast den 1 oktober. Ansvaret för detta ligger till stor del på Boehner, men uppgiften har i princip visat sig vara omöjlig eftersom konservativa republikaner kräver att statsstödet till hälsoorganisationen Planned Parenthood tas bort i budgeten - något Demokraterna motsätter sig.
Planned Parenthood arbetar med barn- och mödravård och utför bland annat aborter. I somras cirkulerade ett smygfilmat videoklipp där företrädare talade om vilka kroppsdelar från aborterade foster som är mest efterfrågade av forskare.
Boehner brukar tillskrivas Republikanernas stora seger i representanthuset vid kongressvalet 2010. Han är känd för att ha lätt till tårarna och för att ha försökt skapa en bättre relation med den demokratiske presidenten Barack Obama via gemensamma golfrundor.
En medarbetare säger att Boehner tror att partiet skulle tillfogas "irreparabel skada" om han stannar på posten. Majoritetsledaren i representanthuset, Kevin McCarthy, ses som en möjlig efterträdare.
Kongressen är den federala lagstiftande församlingen i USA med säte i Capitolium i huvudstaden Washington DC.
Består av senaten med 100 ledamöter, två från varje delstat, och representanthuset med 435 platser, fördelade i relation till delstaternas folkmängd.
Ledamöterna i representanthuset väljs vartannat år. Senatorerna väljs på sex år (vartannat år löper omkring en tredjedel av deras mandatperioder ut).
Vid mellanårsvalet i november 2014 befäste Republikanerna sin majoritet i representanthuset och tog även över senaten.