Planen som avslöjats i Marseille i södra Frankrike väckte oro för att de sista kampanjdagarna inför den första valomgången kunde bli ett mål för extremister.
De tre männen – en 24-årig flykting från Tjetjenien och två bröder från Kosovo, 29 och 35 år – åtalades för delaktighet i en terrorplan och för brott mot vapenlagstiftningen.
De tre männen delade lägenhet i Marseille. Enligt myndigheterna hittades en Uzi-kulsprutepistol, pistoler, tre kilo sprängmedel, en hemmagjord granat och en IS-flagga vid husrannsakan. Myndigheterna tror att vapnen skulle användas i en attack.
Två andra män, som tros vara de som skulle utföra själva attentatet, har åtalats för delaktighet i en terrorkonspiration, även om myndigheterna inte har kunnat fastslå vilket det planerade målet var.
Två dagar efter att de greps den 18 april sköt 39-årige Karim Cheurfi ihjäl en polisman på Champs-Élysées i Paris innan han dödades av polis. En lapp med en hyllning till IS hittades intill hans kropp.
Över 230 människor har dödats i en rad jihadistattacker i Frankrike sedan januari 2015.