Enligt presidenten går det inte på ett lagligt sätt att fortsätta betala ut subventioner till försäkringsbolagen, som varje månad tar emot miljarder dollar för att täcka kostnaderna för att försäkra låginkomsttagare.
"Vi kommer att avbryta dessa utbetalningar omedelbart", meddelar USA:s hälso- och socialdepartement i ett uttalande.
Men hans motståndare ser i stället utspelet som en form av politiskt sabotage, i syfte att riva ner den omstridda sjukförsäkringslagen.
"Det är en illvillig, omfattande och meningslös sabotagehandling, som riktar sig mot arbetande familjer och medelklassen i varje hörn av USA", skriver de demokratiska företrädarna Chuck Schumer och Nancy Pelosi i ett uttalande.
Trump har tidigare hotat att ställa in betalningarna, men inte talat om att de skulle vara olagliga. Beslutet väntas skaka om branschen ytterligare, samt dra på sig stämningar från delstater.
"Jag kommer inte att tillåta president Trump att återigen använda New York-familjer som brickor i sin farliga, partipolitiska kampanj för att till varje pris urholka Affordable Care Act (Obamacare)", säger delstaten New Yorks högste åklagare Eric Schneiderman, som tidigare kritiserat presidenten hårt för hans beslut att riva upp migrantprogrammet Daca, som omfattar närmare 800000 unga.
Uttalandet kommer kort efter det att han, i ljuset av Republikanernas oförmåga att riva upp och ersätta Obamacare, skrivit under ett presidentdekret som han säger kommer att bana väg för "toppenförsäkringar" till småföretagare.
Fakta: USA:s sjukförsäkringslag
USA sjukförsäkringslag "The Patient Protection and Affordable Care Act" (ACA), även kallad "Obamacare", antogs av kongressen 2010 efter en bitter politisk strid.
I "Obamacare" står bland annat att försäkringsbolag inte får neka sjukvårdsförsäkring åt personer som redan har en diagnos, att unga vuxna får omfattas av sina föräldrars försäkringar tills de fyller 26 år samt att de statliga försäkringarna för pensionärer (Medicare) och låginkomsttagare (Medicaid) ska utvidgas. Dessutom har sjukvårdsförsäkringsbörser skapats i varje delstat. Amerikaner ska i sin deklaration kunna påvisa att de har försäkring, annars hotar böter. Läkemedelsbolag och höginkomsttagare har beskattats hårdare under lagen.
Enligt Republikanerna är "Obamacare" komplicerad och "jobbdödande" för småföretagare. Ett av president Donald Trumps vallöften var att riva upp och ersätta lagen. Kongressens republikaner har sedan i våras försökt göra detta, men har inte lyckats samla tillräckligt stort stöd för de reformförslag som tagits fram.
Källor: Columbia University, The New York Times, kongressens budgetkontor, CBO, Healthcare.gov