Räddningstjänsten larmades av ett automatlarm klockan 02.12. Det brann då i ett uppehållsrum under gymnastiksalen och rummet var helt rökfyllt.
Branden är nu släckt men uppehållsrummet är förstört.
- Vi vet ännu ingenting om varför det började brinna, säger Martin Olsson, larm- och ledningsoperatör vid Räddningstjänsten i Storgöteborg.
Nygårdsskolan har omkring 500 elever från förskoleklass till nian. Där finns också ett fritidshem.