En av dem ska ha sprungit mot Stena Lines Danmarksterminal, den andra mannen försvann till fots mot Masthugget.
Polisens presstalesman, Stefan Gustafsson, säger att rånarna inte var beväpnade.
- Jag har inga sådana uppgifter, men det ska ha varit en hotfull situation där på platsen, säger han.
Polisen har inte gripit någon för rånet.