Gruppen, där även bland andra Tesla-chefen Elon Musk ingår, har ett möte inplanerat med presidenten under fredagen.
Uber är ett av flera IT-bolag som oroas över hur Trumps nya inreseregler för människor från sju i huvudsak muslimska länder ska slå mot personalstyrkan och bolagens utvecklingsmöjligheter.
"Att gå med i gruppen var inte tänkt att vara ett ställningstagande för presidenten eller hans agenda men tyvärr har det missförståtts precis så", skriver Kalanick i ett mejl till Ubers anställda, där han säger att Uber kommer att försöka få till stånd förändringar kring inresereglerna.
"Att stanna kvar i rådet skulle bara komma i vägen för det. Presidentordern skadar många människor i samhällen runt omkring USA. Familjer splittras, människor fastnar utomlands och det finns en växande rädsla att USA inte längre är ett land som välkomnar invandrare", skriver han.
"Skulle drabba oskyldiga"
Ubers vd skrev i ett mejl till företagets anställda i helgen att reglerna kommer att drabba "många oskyldiga människor", och att han skulle ta upp frågan med Trump under fredagens möte.
Frågan kommer ändå komma upp under mötet med den rådgivande gruppen, där företrädare för JP Morgan, General Motors, IBM och Walt Disney väntas delta enligt Vita huset.
Teslas Elon Musk twittrar att han kommer att delta: "Under mötet kommer jag och andra uttrycka våra invändningar mot den senaste presidentordern om invandring och erbjuda förslag till förändringar".
Mötet uppges enligt källor vara i två timmar och, förutom ett inledande tal av Trump, ha fyra punkter: regellättnader, kvinnor på arbetsmarknaden, skatter och handel samt infrastruktur.