Under spelningen fick hon sällskap på scenen av sina tidigare bandkamrater Kelly Rowland och Michelle Williams från Destiny's Child, rapporterar CNN.
Den återförenade trion sjöng låtar som "Lose my breath", "Say my name" och "Soldier" inför en överraskad jättepublik.
I år är det 20 år sedan Destiny's Childs debut och trion gick skilda vägar 2006. De uppträdde senast tillsammans på Super Bowl för tre år sedan.
Under Coachella-konserten deltog också över 100 dansare och en slagverksorkester. Beyoncé sjöng dessutom låten "Deja vu" tillsammans med maken Jay-Z och hon dansade med sin syster Solange.
Nattens konsert var historisk då det var första gången som en svart kvinna uppträdde som huvudakt på Coachella.
Den 26 juni kommer Beyoncé och Jay-Z till Sverige för en konsert på Friends arena i Solna.
TT