Det första planet kom från Kanton (Guangzhou) och landade på morgonen med 258 passagerare ombord. Det följdes en stund senare av ett plan från Xiamen.
- Flygningarna innebär en ny början för utbytet mellan de båda sidorna, sade Wang Yi, chef för Kinas kontor för kontakter med Taiwan, strax innan han gick ombord på ytterligare ett plan som flög från Peking till Taipei.
Att officiella representanter för regeringen i Peking fanns bland gårdagens besökare är ett tydligt tecken på att relationerna nu är bättre än någonsin mellan Kina och Taiwan.
Det har inte funnits något reguljärflyg mellan Kina och Taiwan sedan den besegrade nationalistarmén 1949 flydde till ön - då kallad Formosa. Alla reguljära flygförbindelser sedan dess har krävt att passagerarna bytt plan i Hongkong eller Macao.
Fyra miljoner turister
Sedan 1989-90 har omkring fyra miljoner taiwanesiska turister den vägen kunnat besöka fastlandet, där många av dem har sina rötter. Däremot har Kina med få undantag inte tillåtit några resor till Taiwan, inte förr-än i går.
Taiwan räknar med att direktflygningarna ska ge en skjuts åt ekonomin. Omkring en miljon kinesiska turister beräknas anlända till Taiwan det kommande året. Men framför allt kommer handeln att underlättas. Taiwanesiska företag har redan investeringar på fastlandet för omkring 650 miljarder kronor men de väntas öka kraftigt nu.
Islossningen är en direkt följd av maktskiftet i Taiwan efter presidentvalet i mars.
Den förre presidenten Chen Shui-bian representerade Demokratiska framstegspartiet, som rymmer åtskilliga som vill att att Taiwan utropar sin självständighet. Han sade i början av sin presidentperiod att Folkrepubliken Kina (fastlandet) och Republiken Kina (Taiwan) är två jämbördiga enheter.
Det gick helt på tvärs med båda republikernas officiella hållning - det finns bara ett, odelbart Kina - och fick Kina att under nästan ett decennium vägra samtala om en normalisering.
"Bara ett Kina"
Den nye presidenten Ma Ying-jeou, från det gamla nationalistpartiet Kuomintang, återgick direkt efter tillträdet i maj till den gamla hållningen. Han lovade att ta bort ordet "Taiwan" från alla de officiella institutioner där Chen hade infört det. Och han deklarerade att det bara finns ett Kina, men med två regeringar.
Det var tillräckligt för att regeringen i Peking ville ta emot en delegation från Kuomintang för tre veckor sedan, vilket bland annat resulterade i gårdagens flygningar.
Gårdagens omkring 750 besökare från fastlandet togs emot med hyllningar och gåvor från taiwanesiska organisationer. Var de riktigt uppmärksamma kunde de också se tibetanska aktivister och medlemmar av Falungong-rörelsen demonstrera.
Så småningom kommer 36 reguljära flygrutter i veckan att vara öppna mellan Taipei och fem kinesiska städer.
Sedan 1984 har Taiwan deltagit i OS under namnet "Kinesiska Taipei" och så blir det också när spelen i Peking inleds om en dryg månad.
