Justitiedepartementets utredning är det senaste bakslaget för företaget, som tidigare har skakats av flera pinsamma avslöjanden om en sexistisk och hård företagskultur, och en stämning där Googles moderbolag anklagar Uber för att ha stulit teknik.
Brottsutredningen är just inledd, uppger en källa med insyn i arbetet, till tidningen.
Mjukvaran, som kallas Greyball, har gjort det möjligt för förare att undvika att bli upptäckta av transportmyndigheter, genom att kontrollanter från myndigheterna har kunnat identifieras och nekas att resa.