"Medan Boltons ensidiga agerande väcker allvarliga bekymmer för rikets säkerhet har regeringen inte kunnat fastställa att ett domstolsföreläggande är en lämplig åtgärd", skriver domaren Royce Lamberth i beslutet enligt nyhetsbyrån Reuters.
Boken "The room where it happened: a White House memoir" har granskats av domstolen sedan Vita huset velat stoppa den. Motiveringen har varit att boken innehåller hemligstämplat material och att Bolton har brutit mot sekretessavtal. Men utdrag har publicerats i flera amerikanska medier inför utgivningen i nästa vecka.
I boken påstår Bolton bland annat att president Donald Trump bett sin kinesiske motsvarighet Xi Jinping om kinesiska stödköp av amerikanska sojabönor för att förbättra hans chanser att vinna nästa val.
Donald Trump rasar över den ärkekonservativa utrikespolitiske höken Bolton efter lördagens domstolsbesked, och kallar honom en lagbrytare.
"Han gillar att släppa bomber över människor, och döda dem. Nu kommer han få bomber släppta över sig själv", skriver Trump på Twitter utan att utveckla saken närmare.
Bolton fick sparken av Trump i september i fjol.
Fakta: John Bolton
Född i en arbetarklassfamilj i Maryland 1948. Tog sig till det ansedda universitetet Yale via stipendier och har en examen i juridik därifrån.
Utsågs till FN-ambassadör av president George W Bush och jobbade som sådan 2005–2006. Men han godkändes aldrig av senaten som då kontrollerades av Demokraterna. Innan dess jobbade han bland annat på justitie- och utrikesdepartementen under de republikanska presidenterna George H W Bush och Ronald Reagan.
Har även arbetat på några av Washington DC:s mer kända advokatbyråer samt som chefsanalytiker på den konservativa tankesmedjan American Enterprise Institute. Han är också välkänd från den konservativa tv-kanalen Fox News, där han har kommenterat utrikespolitik.
Bolton beskrivs ofta som en ärkekonservativ utrikespolitisk hök. Han har bland annat förespråkat militära angrepp mot Nordkorea, försvarat den USA-ledda invasionen av Irak 2003 och sagt att tvåstatslösningen på konflikten mellan israeler och palestinier är död. Han var också kritisk till det kärnenergiavtal med Iran som USA sedermera lämnade. Ett av den tidigare FN-ambassadörens mer välkända uttalanden är att han anser att det inte skulle göra någon skillnad om den 38 våningar höga FN-skrapan i New York blev tio våningar kortare.
Bolton tillträdde som Donald Trumps nationella säkerhetsrådgivare i mars 2018. Han fick sparken av Trump i september 2019.